Takumi Sumino est un adolescent comme les autres qui réside dans le complexe résidentiel de Tokyo, un endroit où tous les jours se ressemblent et où jamais rien ne se passe. Tout change quand des monstres terrifiants débarquent et mettent la ville à sac. Une étrange créature répondant au nom de Sirei fait son apparition et offre à Takumi le pouvoir de protéger tout ce qui lui est cher... Tout ce qu’il doit faire en retour, c’est se poignarder en plein cœur !
Takumi se retrouve alors transporté dans l'Académie de la dernière défense, une école située au milieu de nulle part entourée d’un mur de flammes mystiques. 14 autres élèves et lui-même ont été enrôlés dans l’Unité spéciale de défense, une équipe chargée de la protection de l’école pour les 100 jours à venir. Que sont-ils prêts à sacrifier afin de retourner à leur vie et de sauver le monde de ces envahisseurs grotesques ?
Le rideau se lève sur 100 jours de guerre et de désespoir....