L'aventure fait directement suite aux événements d'Ys X.
Le célèbre aventurier roux Adol Christin se réveille dans le pays inconnu de Celceta, ne se souvenant de rien d'autre que de son propre nom. Sans passé, Adol explore la ville dans laquelle il s'est égaré, à la recherche de la moindre piste sur son identité. Accompagné d'un voleur qui prétend avoir passé du temps en sa compagnie ces dernières semaines, le jeune aventurier aide à sauver des mineurs pris au piège d'une avalanche, ce qui lui vaut les faveurs du général de l'armée romun. Impressionné par leurs compétences, le général les enrôle pour explorer la Grande Forêt de Celceta et cartographier ses immenses étendues — une tâche à laquelle de nombreuses personnes se sont essayées par le passé, sans jamais en revenir vivantes.
Energique et déterminé à résoudre le mystère de son passé et de sa situation actuelle, Adol part avec son nouvel ami, Duren, pour explorer la région sauvage qui lui a volé ses souvenirs. Au cours de son périple, il fait la connaissance de nombreuses personnes qui semblent le connaître, et doit déterminer avec soin qui parmi elles peut être de confiance.