Après avoir étouffé le coup d'État qui a secoué le royaume de Liberl, Estelle et Joshua sont enfin devenus des Égides seniors.
Mais la veille du Festival d'anniversaire de la reine, Joshua révèle la sombre vérité sur son passé avant de disparaître dans la nuit, ne laissant derrière lui qu'un bref : « Adieu, Estelle. »
Armée de l'harmonica de Joshua et d'une détermination inébranlable, Estelle se lance à la recherche de son partenaire à travers le continent.
Au cours de son périple, elle affronte la sinistre société Ouroboros, sortie de l'ombre pour plonger Liberl dans le chaos le plus total.
La capitale est en flammes. Un immense aéronef assombrit le ciel. La menace imminente de l'Auréole plane...
Confrontés à la plus grande crise de l'histoire de Liberl, Estelle et ses alliés se battent pour retrouver Joshua tout en déjouant les intrigues et conspirations d'Ouroboros !

L'aventure fait directement suite aux événements d'Ys X.
Le célèbre aventurier roux Adol Christin se réveille dans le pays inconnu de Celceta, ne se souvenant de rien d'autre que de son propre nom. Sans passé, Adol explore la ville dans laquelle il s'est égaré, à la recherche de la moindre piste sur son identité. Accompagné d'un voleur qui prétend avoir passé du temps en sa compagnie ces dernières semaines, le jeune aventurier aide à sauver des mineurs pris au piège d'une avalanche, ce qui lui vaut les faveurs du général de l'armée romun. Impressionné par leurs compétences, le général les enrôle pour explorer la Grande Forêt de Celceta et cartographier ses immenses étendues — une tâche à laquelle de nombreuses personnes se sont essayées par le passé, sans jamais en revenir vivantes.
Energique et déterminé à résoudre le mystère de son passé et de sa situation actuelle, Adol part avec son nouvel ami, Duren, pour explorer la région sauvage qui lui a volé ses souvenirs. Au cours de son périple, il fait la connaissance de nombreuses personnes qui semblent le connaître, et doit déterminer avec soin qui parmi elles peut être de confiance.

C'est un spin-off crossover des licences J-RPG : Ys et Trails.
C'est une version remasterisés du jeu sortie sur PSP uniquement au Japon.
Cette version introduit le multijoueur local et en ligne.

Année 1209 du calendrier septien.
La menace posée par Almata est passée. La paix est enfin revenue au Calvard. Et, pour un temps, cette paix est ininterrompue, jusqu'à ce qu'une unité des forces spéciales du CID soit massacrée par un assaillant inconnu.
Alors que les autorités s'efforcent de contenir la situation, les forces criminelles profitent de l'occasion pour agir à leur tour.
Pendant ce temps, un spriggan du nom de Van Arkride entame sa propre enquête, sous l'impulsion d'un visiteur inattendu.
Qui pourrait être responsable de ce massacre ? Quel était leur objectif ? Et quel est le lien avec la quête d'Agnès pour la huitième Genèse ?
Le rugissement d'une bête cramoisie. Une rencontre fortuite avec un garçon et une fille, tous deux impliqués dans une quête mystérieuse. Telles sont les circonstances qui entraînent Arkride Solutions sur la piste d'un destin inéluctable.