Le Spectre de Ganondorf est un fantôme envoyé par Ganondorf pour vous tuer. C’est aussi le boss du Temple de la Forêt. A sa mort, Ganondorf le bannira et l’enverra dans une autre dimension pour avoir échouer.
Le combat se déroule en deux parties, sur un espace clos vu qu'une grille vous bloque le passage. Prenez d’abord votre Arc et visez les quatre différents tableaux autour de vous. Le Spectre de Ganondorf va créer alors créer deux illusions dans ces tableaux. Vous le verrez se déplaçant et s’avançant vers vous. Si une tache violette apparaît quand il sort, tirez-lui une Flèche et il repartira. S’il n’y a pas de tache violette, tournez-vous et essayez un autre tableau pour le viser. Si le Spectre de Ganondorf sort entièrement du tableau, vous subirez une attaque électrique dure à éviter et qui vous casera de lourds dégâts. Répétez cette attaque pour le faire sortir du tableau. Cette fois-ci, le Spectre de Ganondorf vole et se déplace sans son cheval. Attendez qu’il aille en hauteur et il fera une boule d’énergie. Utilisez votre Epée pour lui renvoyer sa boule d’énergie puis il vous la renvoie. Attendez qu’il la loupe. La boule le touchera et il tombera par terre, courez vers lui et frappez-le avec votre Epée. Répétez cette opération jusqu’à l’anéantir. Vous rencontrez Ganondorf, recevrez le Médaillon de la Forêt et apercevrez le Sage de la Forêt.