L'histoire se déroule dans le grand royaume de Brumeterre, qui a prospéré grâce aux vastes gisements magiques qui sommeillent en ses profondeurs. De nouvelles formes de vie artificielle à la pointe de la technologie appelées « homunculus » promettaient au royaume un avenir radieux. Cependant, une fumée corrompue émanant des profondeurs de la terre a transformé les homunculus en monstres ravageurs.
Vous incarnez Lila, qui fait partie des « accordeurs » dont les pouvoirs peuvent apaiser les homunculus. Vous vous réveillez dans un laboratoire souterrain et faites la rencontre d'une homunculus dont le passé est intimement lié à la tragédie qui touche le royaume. Accompagné des homunculus qui ont fait vœu de vous aider, vous embarquerez dans un long périple à travers Brumeterre à la recherche de vos souvenirs perdus et de vos camarades disparus. Une histoire de destruction et de renouveau dans un monde apocalyptique, quelques dizaines d'années après la catastrophe de la pluie de mort.