Au 22ème siècle, l'humanité a développé la technologie qui a fait des missions habitées vers d'autres planètes une réalité. À la suite de ces développements, l'ONU a dirigé un traité, signé par des gouvernements du monde entier, pour commencer à investir dans la construction de colonies sur nos planètes les plus proches afin de résoudre les problèmes de surpopulation et de manque de ressources naturelles sur Terre.
Le traité fut un succès et le programme, nom de code Projet : Colonies, produisit des colonies habitées sur plusieurs planètes, dont la première Projet : Mars, suivie du Projet : Vénus et du Projet : Jupiter.
Après être restée sans réponse pendant plusieurs semaines, la première colonie envoie un signal de détresse à l'ONU sur Terre qui, en réponse, envoie un groupe de Space Marines d'élite améliorés, dirigés par le colonel Anna "Charlotte" Right, pour identifier la source du signal.
Lors de la descente sur Mars, leur vaisseau spatial est abattu, ne laissant qu'un colonel Right blessé pour explorer la colonie à la recherche de la vérité sur ce qui se cache derrière tous ces incidents.