L'histoire se déroule à Tokyo après le « World Collapse », une catastrophe où la réalité est érodée et où des entités grotesques connues sous le nom d'《Aberrations》 errent librement.
Souma Hoshigami, un jeune homme attaqué par une Aberration pendant son travail de livreur à temps partiel et laissé dans un état « mi-transformé » — une fusion entre l'humain et le monstre —, est secouru et placé en garde à vue en tant qu'« objet trouvé » par Rena Hizuki, une enquêtrice de la police métropolitaine de Tokyo, département de la sécurité publique, cinquième division des affaires étrangères (communément appelée division de réponse aux mutations de la sécurité publique).
Dans un monde contaminé par les Aberrations et confronté à l'effondrement de la réalité, vous incarnerez Rena et Souma.
Traquez la drogue démoniaque « Tiny True » qui se propage dans les rues, les motifs gravés sur le corps appelés « Stigmates » qui infectent les jeunes, et un culte mystérieux qui tire les ficelles dans l'ombre. Combattez avec style pour vaincre et terrasser de puissants ennemis tout en perçant le mystère de la transformation du monde.