Quand le lycéen Kou Tokisaka découvre le royaume cauchemardesque appelé Eclipse, son monde change à jamais.
Dans cette édition définitive de Tokyo Xanadu, le jeu comprend de nouveaux scénarios, de nouveaux personnages jouables, de nouveaux modes.

Ce jour-là, un dragon noir de jais s'abattit sur le royaume et, en un clin d'œil, la ville fut détruite.
« La guerre de 100 ans »
C'est sous ce nom que le long conflit entre 17 nations est désormais connu.
L'interminable guerre a vu son cours renversé par un seul dragon.
La « chimère », croisement entre les dragons, qui n'interviennent jamais dans les guerres des hommes, et des humains assoiffés de sang.
Cette arme, conçue par le royaume de Fahftania, était encore inachevée, attendant un dernier sacrifice humain pour réussir.
Mais Fahftania s'est alliée aux immenses forces des mercenaires de Hellmuth pour sacrifier plus de 1000 innocents et enfin réussir à créer « la chimère la plus puissante de l'histoire ».
Plus personne, désormais, ne peut se dresser face à Fahftania et aux mercenaires de Hellmuth, devenus incroyablement puissants...
Seth Arden, un éclaireur des mercenaires de Clausewitz, découvre que Fahtania projette de créer une série de « chimères » afin de s'emparer du monde.
Lorsque le chef Vel Dina l'apprend, il est horrifié par les atroces expériences humaines menées pour atteindre ce but.
Les mercenaires de Clausewitz se mettent donc en marche vers Fahftania afin de mettre fin à ces ignobles expérimentations et aux agressions du royaume maléfique.
Mais à Fahftania, les mercenaires de Hellmuth les attendent de pied ferme...

L'histoire se déroule sur le continent de Fevrith, une terre abritant cinq nations. Après que le général Valmore de Cornia se soit révolté contre la famille royale de son pays, il déclenche une guerre qui déchirera bientôt le continent tout entier. Alain, prince de Cornia, s'enfuit de chez lui lors de ce soulèvement et est choisi pour diriger l'Armée de Libération. Le légendaire Anneau de la Licorne en main, Alain hisse le drapeau de la rébellion pour conduire son peuple vers la liberté.
Quelques protagonistes :
Travis : Un espion qui a rejoint les rangs de l’armée libératrice cornienne après avoir travaillé en solo toute sa vie
Yana : Une sorcière vivant dans les marais qui a survécu à une attaque contre ses pairs
Clive : Chevalier de l’ancien royaume de Cornia, décrit comme brave et intelligent
Chloé : Disciple de Joseph, un chevalier vétéran, qui est aussi une amie du prince Alain de l’armée libératrice
Hodrick : Ancien garde du coup de la reine Ilénia de Cornia
Mélisandre : Cheffe du clan Meillet de Cornia
-Traversez un monde, assemblez des unités et dirigez-les dans des batailles.
-Accomplissez des actes héroïques et gagnez en renommée dans les cinq nations.
-Menez une grande armée avec plus de 60 personnages uniques.

Notre aventure commence dans une région d'Allraan, un continent aux cultures très diverses.
C'est par l'épée et des objets magiques appelés des « lentilles runiques » que l'histoire de ces terres a été façonnée. Une histoire d'alliances et de guerres entre humains, elfes hommes-bêtes et habitants du désert.
L’empire Galdéen a devancé les autres nations et a découvert une technologie qui amplifie la magie des lentilles runiques
Aujourd’hui, l’Empire parcourt le continent à la recherche d’un artefact qui augmentera encore son pouvoir.
C’est au cours d’une de ces expéditions que Seign Kesling, un jeune et talentueux officier impérial, et Nowa, un garçon d’un village isolé, se rencontrent et deviennent amis.
Cependant, un coup du sort les entraînera bientôt dans les feux de la guerre les obligeant tous deux à réexaminer tout ce qu’ils croyaient être juste et vrai.