Halo : Nightfall introduit un nouveau personnage central, Jameson Locke, un légendaire chasseur d’hommes et agent de l’Office of Naval Intelligence (ONI), branche militaire la plus puissante et secrète de la Terre. Lorsque lui et son équipe sont pris dans une horrible attaque biologique, ils révèlent un complot qui les attire à un ancien artefact infernal, où ils seront forcés de se battre pour leur survie, de tout remettre en question, et finalement de choisir entre leur loyauté et leur vie.