Trois modes différents de course aux boss ont été ajoutés au jeu. Appuyez sur le bouton R dans l'écran "Samus Files" pour passer à l'écran de sélection des boss.

Boss Rush
Un mode dans lequel les joueurs combattent 12 boss en continu et tentent de réaliser le meilleur temps.
Tous les dégâts reçus sont reportés au combat suivant. Les armes sont entièrement restaurées entre les combats.
Si Samus est vaincue, les joueurs peuvent sélectionner "Retenter" pour reprendre le jeu au début du combat qu'ils ont perdu. Il y a cependant une pénalité de temps pour avoir été vaincue.
Les boss combattus dans Boss Rush peuvent être affrontés en un contre un à tout moment en sélectionnant "Entraînement".
Déverrouillé en terminant le jeu principal une seule fois. (Dans le cas où un joueur a terminé le jeu avant la mise à jour, il pourra jouer à Boss Rush immédiatement après la mise à jour).

Survival Rush
Ce mode permet aux joueurs de voir combien de boss ils peuvent vaincre dans le temps imparti de 5 minutes.
Tous les dégâts reçus ou les armes dépensées sont reportés à la prochaine bataille. Même s'il reste du temps, la défaite de Samus entraînera un game over.
Vaincre un boss ajoutera un temps fixe au compte à rebours. Vainquez un boss sans recevoir de dégâts pour bénéficier d'un bonus de temps encore plus important.
Le Survival Rush est débloqué en terminant Boss Rush ou Dread Rush.

Dread Rush
Les règles de base sont les mêmes que dans Boss Rush, mais si Samus est touchée par un boss, son énergie tombe à zéro et elle est vaincue.
Les boss combattus dans Dread Rush peuvent être combattus en un contre un à tout moment en sélectionnant "Practice".
Déverrouillé en terminant le jeu principal en mode Dread. (Dans le cas où un joueur a terminé le mode Dread avant la sortie de la mise à jour, il pourra jouer à Dread Rush immédiatement après la mise à jour).