Le nouvel opus de la série Fire Emblem prend place en Elyos, un continent composé de quatre royaumes entourant une terre sainte. Mille ans auparavant, une terrible guerre a opposé le peuple d'Elyos au Dragon Déchu.
Durant ce conflit, le peuple d'Elyos a fait appel aux Emblèmes, des héros d'autres mondes, pour leur venir en aide. Grâce à ces héros, les forces de chaque nation ont pu coopérer pour finalement réussir à emprisonner le Dragon Déchu. Cependant, des signes récents semblent présager que ce terrible ennemi est sur le point de renaître...