Malgré une moyenne plutôt bonne sur Metacritic, Alpha Protocol n'aura pas droit à une suite, du moins pas avec Sega comme éditeur. La firme du hérisson a en effet déclaré être déçu des ventes du RPG d'Obsidian Entertainmen et ne souhaite pas retenter l'aventure pour un second épisode.

On rappelle que les développeurs travaillent à l'heure actuelle sur Fallout New Vegas et Dungeon Siege III.