Les deux frères font leur retour pour une nouvelle aventure maritime ! Montez en compagnie de Mario et Luigi à bord du Navisthme (mi-île, mi-navire) et partez à la découverte du vaste monde de Connexia. Montez dans le canon du Navisthme et propulsez-vous vers des îles variées qui abritent aussi bien des forêts tropicales que des villes pleines de vie et où des quêtes vous attendent.
Rencontrez de nouveaux amis tels qu'Ampéria ou encore Couchomb (qui n'est absolument pas un cochon) et retrouvez des têtes connues du Royaume Champignon, comme Peach ou bien Bowser, qui pourront vous donner un coup de pouce au cours de votre périple !