Comme promis lors du shadow-drop, Ninja Gaiden II Black a droit à une mise à jour pour parfaire son expérience avec l'ajout d'un mode Photo, une option pour supprimer visuellement l'arme à projectiles quand elle est portée sur le dos, et surtout le New Game + permettant de recommencer une partie (dans la même difficulté ou en deçà) avec directement tout votre matos, néanmoins au Level 1.

En plus de cela, le titre a droit du rééquilibrage autant pour amoindrir la difficulté dans certains cas (réduction des PV ennemis dans les chapitres 8 et 11) que pour la booster (augmentation du nombre d'ennemis dans les chapitres 13 et 14). En outre, plusieurs attaques d'Ayane gagnent en puissance.