Mega Man Star Force 3 s'évertue à s'exposer comme le confirme les images ci-dessous. Cette séquelle voit Geo Stelar et ses compères devant éluder le pourquoi de l'apparition d'un étrange météore qui fiche un bric-à-brac au sein du monde parallèle. Chaque personnage aura par la suite différents symptômes modifiant leurs capacités. Des nouvelles possibilités de gameplay s'ouvriront ainsi et alimenteront un mode online où sept joueurs peuvent se défier.