Certaines versions européennes de Super Paper Mario souffrent d'un bug causant le freeze de la console, qu'il ne reste plus alors qu'à redémarrer. L'anomalie en question se déclenche au niveau 2-2, si le joueur ne suit pas les instructions de Mimi. Elle a été reconnue par Nintendo, qui propose aux utilisateurs lésés d'échanger leur jeu contre un nouvel exemplaire mis à jour.