Konami a l'intention de sortir une édition spéciale de Zone of the Enders : The 2nd Runner sur PlayStation 2 à 3.300 yens le 15 Janvier prochain au Japon contenant les bonus disponibles dans la version européenne avec notamment 2 modes de difficulté, de nouvelles séquences et autres Extra Missions. Une autre édition collector à 3.500 yens contenant en plus un CD de musiques est également prévue.