L’histoire se déroule dans un royaume virtuel appelé « Royaume de l’encre », où les habitants existent sans le savoir comme de simples fabrications au sein d’un monde fictif. Contrôlés par le mystérieux Esprit du Livre, ils suivent docilement des destins prédéterminés, inconscients de leur vie cyclique.
Dans le Royaume de l’Encre, les marionnettes s’éveillent – ​​Vous incarnerez dans un premier temps l’épéiste Red avant de débloquer progressivement d’autres personnages. Avec l’aide de l’ancien Scriptbound Fox et du pouvoir immortel du mystérieux Fox Blood, vous vaincrez quatre boss pour récupérer votre propre destin.
Au cours du voyage, les gemmes d’encre perdues depuis longtemps sont redécouvertes et la vérité sur l’Esprit du Livre est progressivement révélée. Bientôt, Red et d’autres découvrent qu’ils ne sont que des personnages fictifs de Realm of Ink.
Tout semble être destiné : l’ancien monde s’effondrera tandis qu’un nouveau monde se formera, et les esprits éveillés se remodèleront au milieu d’innombrables cycles de destruction.