Très différents de ses prédécesseurs, Mother 3 se veut plus accessible sans être moins difficile. Proposant un scénario bien moins léger que ceux de Mother et d'Eartbound, il tend plutôt à parodier, sans sombrer dans le ridicule, les RPG classiques, tels les Final Fantasy, qui ne proposent que des scénarios Star Wars-esque. Les héros doivent donc combattre une armée, la Pig Mask Army (et oui, pas de Gyigas ni d'extraterrestres cette fois-ci) , qui se livre à d'étrange expériences sur les animaux de Nowhere Island. Ce n'est que vers les derniers chapitres que le jeu montre clairement son lien avec Earthbound dont il est la suite, suite qui se veut d'ailleurs plus sombre, et plus dramatique, sans pour autant occulter le côté comique (le Bad Guy a d'ailleurs une fin tristement lamentable qui force à sourire). Le système de combat, classique, reprend le système de compteur de HP à descente progressive qui rajoute une certaine dynamique dans les combats (au tour par tour). Ajoutons un univers graphique simple, épuré, mais très jolis. Et des musiques tout bonnement MAGNIFIQUES, qui se hissent sans problème au niveau des musiques de titres tels Final Fantasy VI, Chrono Cross, pour ne citer que ceux-là.
Enfin, pour rendre le petit monde de Nowhere Island beaucoup plus attachant, les personnages se veulent tous uniques et charismatiques : le jeune Lucas qui évolue au fil de son périple, Kumatora, princesse d'un Royaume Disparu, très garçon manqué, Duster, le voleur musicien, les Magypsies, tuteurs de Kumatora, travestis au grands pouvoirs et débordant de sagesse malgré leurs tenues particulières...
Mother 3 est décidément un grand jeu, un grand RPG, avec une bonne durée de vie. Le seul regret que pourrait faire un fan de la série, serait son éloignement par rapport aux précédents épisodes qui se déroulent dans un univers plus proche de la réalité.