D'après le site Nintendo Inside, Satoru Iwata, Président de Nintendo aurait décidé d'instaurer pour cette année 2005 une nouvelle organisation au sein de Nintendo Japon avec plusieurs changements d'équipes internes.

Nintendo Integrated Research & Development
General Manager : Genyo Takeda
- Development Division (Hideo Nagata)
- Technology & Research Division (Shozo Funakoshi)

Nintendo Entertainment Analysis & Development
General Manager : Shigeru Miyamoto
- Entertainment Analysis & Development [Kyoto] (Takashi Tezuka)
- Entertainment Analysis & Development [Tokyo] (Takashi Tezuka)

Nintendo Technology & Development
General Manager : Nobuo Nagai
- Research & Engineering (Satoru Okada)
- Research & Development (inconnu)

Nintendo Software Planning Division
General Manager : Akira Ootani
- Project Development (inconnu)
- Software Quality Control (Kenji Miki)

Les studios de développement Nintendo R&D1 (Excitebike, Metroid, Wario Land, et Kid Icarus) ainsi que Nintendo R&D2 (The Legend of Zelda : Four Swords Adventures, Super Mario Advance et Super Mario World Advance) ne semblent plus exister sur le papier et ont probablement fusionnés avec d'autres équipes mais cela reste encore assez flou, Nintendo Special-Planning & Development a également été remplacé. Takehiro Izushi qui était chargé de Nintendo R&D1 est désormais assigné à la tête de Product Organization group. Mais nous ne savons pas encore dans quels départements ont été placés Yoshio Sakamoto Directeur de Metroid et Hirofumi Matsuoka le créateur de Wario Ware.

(Source : Nintendo Inside)