Lorsque le vaisseau Pandora est détruit, James Hawkins se retrouve coincé à l'intérieur d'un prototype d'armure Battle Frame et fonce en direction de Medusa-42. Tandis que des hordes de Raknos ravagent la planète et transforment les colonies minières humaines en ruines, James doit se dépêcher de trouver le moyen de contrôler son Battle Frame s'il veut survivre à cet environnement dangereux et retrouver son père disparu.

Mais James n'est pas seul dans cette quête… un allié inattendu se cache dans son Battle Frame…