Yonder se déroule sur Géméa, une île paradisiaque divisée en huit environnements distincts allant de la plage tropicale aux cimes enneigées.
Hélas, Géméa n'est pas aussi parfaite qu'elle le paraît : le mystérieux miasme a envahi les lieux !
Élu héros de Géméa, vous partez en quête des esprits, ces créatures cachées et fantasques qui ont le pouvoir de dissiper le miasme pour rendre à la nature sa beauté d'antan.