Painest le leader de l'Akatsuki. Il est une personne froide et mystérieuse qui désire rassembler tout les bijuus afin que l'Akatsuki devienne une puissante organisation. Il vit dans au village d'Ame où les habitants l'appelle "Dieu ". On dit de lui que c'est un être sans pitié, sans émotion, bref une véritable machine à tuer. Au sein de l'Akatsuki, il occupe la position de leader, cependant nous apprendrons plus tard qu'il ne l'est pas réellement, et que le vrai chef de l'Akatsuki est Tobi, qui dit être Madara Uchiwa. Pain possède des pupilles légendaires appelée Rinnegan.
Lors de l'intrusion de Jiraya dans le village de la pluie, il se déplacera en personne afin de le stopper. Pain supprimera Jiraya, et c'est à la suite de ce combat qu'on apprendra qu'en réalité, il s'appelle Nagato qui était autrefois l'un des disciples de Jiraya avec Yahiko et Konan.



Il contrôle en fait six corps différents, grâce à des récepteurs de chakra ressemblant à des piercings. Ces corps sont ceux d'anciens ninjas que Jiraya a rencontrer dans le passé. Chaque corps possède un style de technique (un pour les invocations, un pour les illusions, etc...)
A noté que le corps principal est celui de son ami défunt Yahiko, il n'hésite pas à sacrifier les autres corps pour protéger celui là. Le corps de Yahiko possède la capacité de maîtriser l'attraction et la répulsion.




Il ira ensuite à Konoha, dans le but de détruire le village et de capturer Kyubi, tous les ninjas de Konoha s'opposeront à lui. Pain combattra notamment Kakashi Hatake, qui sera finalement vaincu à cause de l'utilisation du Mangekyô Sharingan qui épuisera ses réserves de chakra, pour prévenir le Hokage des informations obtenues sur Tendô. Naruto arrivera à temps et l'empêchera de tuer les survivants. Après une lutte acharnée, Pain succombera et mourra.