Cherchant plus de liberté et en ayant assez d'être associé à la tête d'une nouvelle suite de licence à chaque nouveau jeu qu'il annonçait, Masahiro Sakurai quitte HAL Laboratory le 5 Aout 2003. Il énonce tout de même son souhait de voir le studio continuer à développer la licence Kirby, qu'il a crée.

En Freelance, il collabore avec Q Entertainment sur le Puzzle Game, Meteos sorti sur DS en 2005. C'est la même année, le 15 Aout 2005 que Sora Ltd émerge. C'est une agence que fonde Masahiro Sakurai pour fournir de l'aide dans le Game Design à d'autres compagnie. Autrement dit, c'est une structure indépendante et non lié à Nintendo contrairement à ce que beaucoup croit en liant Masahiro Sakurai à la firme de Kyoto. Bien que ceci ne soit pas véritablement infondé. L'agence est basé à Tokyo et son nom "Sora", selon Sakurai, a été choisi pour représenter une liberté similaire à l'étendue céleste. "Sora" signifiant "Ciel" en Japonais.

A ce moment-là déjà, Sora Ltd. planchait sur les prémices du développement de Super Smash Bros Brawl (Wii). Un développement précipité par la mal interprétation des propos du président Iwata lors du précédent E3 2005, qui a alors enflammé la presse et les fans, tous croyant dur comme fer qu'un nouvel opus était en développement sur Wii. Mr. Iwata avait alors convoqué Sakurai en urgence durant cet évènement pour lui parler et lui demander de développer le nouvel opus. Dans le Iwata Demande, Sakurai affirme les propos du président énonçant qu'avec du recul cela ressemble à une menace, ce que Sakurai répond par "Effectivement, c’était une menace !". C'est avec une équipe réduite que Sora Ltd. commence le développement du nouvel opus de Super Smash Bros avec l'aide de nombreux studio qui viendront grossir leur rang comme Game Arts ou Monolith Soft.



Après le succès de Super Smash Bros Brawl, Nintendo annonce la formation du studio temporaire Project Sora le 22 Janvier 2009. Avec un capital de 200 millions de yens dont 72% fourni par Nintendo et Sakurai à la tête du studio, celui-ci démarre alors un projet unique avec une équipe de 30 personnes. Un projet qui deviendra aujourd'hui Kid Icarus: Uprising sortie sur 3DS en Mars 2012.



Project Sora est dissous le 30 Juin 2012, depuis Sora Ltd. collabore avec Bandai Namco au développement de Super Smash Bros for Wii U et Super Smash Bros for Nintendo 3DS.