Le Seed est un corps d'élite de mercenaires qui accepte n'importe quelle mission dans le monde.

Un jour, Edea, une sorcière, prend le contrôle du pays de Galbadia et attaque ses voisins. La direction du Seed envoie ses meilleures recrues, Squall et ses potes, en mission suicide. Il faut assassiner Edea. L'assassinat échoue.

Les héros apprennent qu'Edea est la femme de Cid, le directeur du Seed. Les héros croient à une rivalité dans le couple à savoir qui aura le pouvoir.

Squall and co font des rêves. Des rêves étranges, en commun! Ils rêvent qu'ils sont Laguna Loire et ses potes dans le passé. Laguna peut entendre les pensées de Squall quand Squall et ses amis rêvent de Laguna.

Cid explique que le Seed a été créé par sa femme Edea pour tuer une sorcière particulièrement dangereuse qui émergerait un jour et qui détruirait le monde. Il se désole que sa femme ait en fait tout prévu pour que ses propres enfants la tue le moment venu.

Car Squall et ses amis se souviennent que Cid et Edea les ont recueillis quand ils étaient tout gamins. Il décident néamoins de retourner assassiner Edea et de ne pas la rater.

Au moment où Squall s'apprète à porte le coup fatal, Edea revient à la raison et reconnait ses enfants, mais Linoa, la petite amie de Squall, est possédée par un mystérieux mal.

Edea qui est redevenue ''mortelle'' explique que les pouvoirs d'une sorcière s'échappent de son corps quand celle-ci s'apprête à mourir et elle en déduit que Linoa est maintenant une sorcière elle aussi, et que le choc l'a plongée dans le coma. Edea explique que ses pouvoirs lui ont été transmis quand Squall et les autres étaient tout jeunes par une sorcière puissante qui est venue mourrir devant sa porte.

Edea, qui n'a jamais usé de ses pouvoirs de sorcière, confie pourtant qu'elle y a été contrainte par un esprit maléfique venant du futur, une autre sorcière, Ultimécia.

Ultimécia veut trouver la personne capable de faire voyager les gens dans le passé quand ils rêvent. Elle même utilise ce pouvoir, mais elle veut aller plus loin dans le passé, pour se trouver à plusieurs époques à la fois, et avec le pouvoir de toutes les sorcières à travers le temps, détruire l'Univers.

Ultimécia a jeté son dévolu sur Linoa qui dispose des pouvoirs qui seront utiles à Ultimécia, mais Linoa s'est ''bloquée'' en entrant dans un coma profond. Squall par à la rencontre d'Ellonne, sa soeur au passage, qui fait voyager les esprits dans le temps, pour qu'Ellonne coupe les liens qui lient l'esprit de la sorcière du futur au corps de Linoa, qui est devenue la nouvelle sorcière du présent. (c'est ce qu'on croit, c'est bel et bien une sorcière, mais peut-elle prétendre au titre officiel de seule et unique sorcière en vie? Sachant qu'il ne peut pas y en avoir deux?)

Un malheureux hasard fait qu'Edea et Cid ont caché Ellonne là où ils avaient contribué, avec Laguna, à emprisonner Adel. Adel, en plus d'un travelo, est la véritable sorcière du présent. Le fait qu'il y ait deux sorcières, Adel et Linoa est une aberration qui trouvera son explication dans la rencontre de Adel et de cette dernière. Linoa, possédée par Ultimécia, se réveille et libère Adel.

Ultimécia laisse Linoa et possède Adel qui est libérée. Ensemble elles peuvent maintenant tenter de trouver Ellonne. Mais Squall tue Adel. Les pouvoirs de cette sorcière sont donc trasmis... à l'autre sorcière Linoa. Et l'esprit d'Ultimécia retourne posséder Linoa, qui hérite des pouvoirs de la sorcière officielle, Adel, et de ceux d'Edea qui ne l'ont pas quittée. Le mystère de la provenance des pouvoirs d'Edea reste entier, Adèle ayant survécu ces longues années en captivité, et n'ayant donc transmis ses pouvoirs à personne. (sauf en mourrant, à Linoa - vous suivez?)

Squall décide alors de réaliser le plan d'Ultimécia et de lui donner ce qu'elle veut dans l'espoir de pouvoir utiliser la compression du temps à son avantage : voyager vers le futur, rencontrer Ultimécia en personne et buter cette pute.

Squall tue Ultimécia, et alors que le temps se décompresse et reprend sa forme normale, Squall se souvient d'avoir fait la promesse que s'il perdait ses amis de vue, ils se retrouveraient à l'orphelinat qui les a vus grandir.

Peine perdue, Squall se retrouve à l'orphelinat, mais pas à la bonne époque. Il se fait face à lui même, à l'âge de trois ou quatre ans. Edea la gouvernante de l'orphelinat est là, et Ultimécia aussi, qui l'a suivi, mourrante.

Edea qui a compris qui est le jeune homme, et que la sorcière lui veut du mal, se place entre Squall et la Sorcière pour accueillir en elle les pouvoirs d'Ultimécia, pour ne pas que Squall porte ce fardeau.

Squall rentre à son époque auprès de ses amis (après un très bad trip)
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Edea avait compris que son enfant adoptif, Squall, était devenu un soldat fort et vaillant qui avait pour mission de combattre ce monstre d'Ultimécia, la sorcière qui lui avait donné ses pouvoirs. Pour que les choses se passent comme elle devaient se passer, Edea avait formé le Seed qui aurait pour politique de tuer les sorcières systématiquement.

A noter que cette histoire est un paradoxe insolvable, Ultimécia en cherchant à échapper à ses bourreaux du Seed, ne fait qu'informer les gens du passé de son propre avènement, et ceux ci fondent le Seed qui la détruira au final.

On peut se demander quand commence ce cercle vicieux, et s'il n'est pas un peu facile de faire d'Ultimécia une méchante absolue. Dans la bataille qui l'opposait à l'aggressivité du Seed, tout ce qui lui a manqué pour gagner, c'est le temps. Le temps pour le Seed de se fonder et de s'entraîner, la condamnant avant même sa naissance à une mort certaine. Pas étonnant qu'elle haïsse ce monde.