Shin Megami Tensei IV se déroule à "East Mikado", un pays qui ressemble à une Europe médiévale, cependant on retrouve des samurais à la place des chevaliers. L'histoire se déroule en 1492 lorsque "East Mikado" est protégé par un périmètre de murs. Les plus grands murs au centre de la ville protège le château et le roi Ahaziah Mikado.


Le magazine Famitsu explique le protagoniste est un jeune homme de 18 ans. Il a eu une révélation lors d'un rêve qui lui a fait réalisé que ses choix vont modifier le monde. Lorsqu'il se réveille, il termine son rituel du gantelet afin de devenir un samurai. Dans Shin Megami Tensei IV, les samurais chassent les démons à l'abri des regards, peu de personnes sont au courant de l'existence des démons.






Alors que la mission du joueur est d'exterminer les démons, ils peuvent également devenir de puissants alliés. On peut les fusionner ou encore discuter avec eux. Les images nous montre que le design de Yomotsu-Shikome est différent de celui de Shin Megami Tensei III : Nocturne.