Le directeur de la Team Ninja, Yosuke Hayashi a annoncé que le scénario de Ninja Gaiden 3 est réalisé par Masato Kato, on peut donc s'attendre à quelque chose d’excellent.
Rappelons que Masato Kato a travaillé sur les scénarios de jeux cultes comme Chrono Trigger, Chrono Cross ou encore Baten Kaitos.

Yosuke Hayashi précise qu'il tient à ce que Ninja Gaiden 3 ne soit pas un jeu qui jure que par son gameplay, il mise également sur l'histoire afin de rendre l'expérience du jeu meilleure .