Bien entendu l'exploitation du Wii U Gamepad fait partie d'une première salve de révisions :

-Radar complet sur l'écran du Gamepad
-Menus tactiles pour gérer augmentations, inventaire, etc., avec des détails supplémentaires sur l'écran du Gamepad pour ne pas encombrer l'écran principal
-Hacking et manipulation des digicodes et autres interfaces avec le tactile sur l'écran ; lorsqu'on a le contrôle d'un hub de sécurité, on peut ainsi contrôler les caméras via l'écran du Gamepad
-Utilisation doublée de l'écran du Gamepad et du gyroscope pour la vision augmentée de Jensen (ennemis au travers des murs, etc.)
-Disponibilité du guide de jeu en intégralité, avec les chapitres du Chaînon Manquant inédits, directement dans le Gamepad avec chapitrage automatique en fonction de la position du joueur dans le jeu
-Possibilité de jouer uniquement sur le Gamepad (l'interface est alors en grande partie réintégrée comme dans les versions précédentes, tout en restant tactile)
-On peut prendre des notes directement sur l'écran tactile avec le stylet, sur la carte du jeu, pour par exemple ne pas oublier de revenir à un endroit précédemment visité
-On peut également prendre des notes audio : on s'enregistre directement avec le micro du Gamepad, et une icône apparaît à l'endroit où l'enregistrement est fait ; lorsqu'on passe dessus, ce dernier est joué.
-Il est enfin possible de partager via le Miiverse photos d'écran, notes écrites, et notes audio avec des amis.

-Toutes les rencontres avec les boss ont fait l'objet d'un level-design revu, qui permet d'éviter le combat frontal pour les personnages qui le choisissent pour trouver d'autres moyens de s'en débarrasser
-En utilisant la vision augmentée de Jensen, on peut à présent voir l'inventaire des ennemis en surimpression façon réalité augmentée et ainsi savoir s'il est intéressant de leur faire les poches
-Visuellement, cette version bénéficie de lumières refaites, et d'un traitement technique révisé sur l'ensemble du jeu pour intégrer les progrès visibles sur le DLC, ainsi que ceux de l'équipe depuis le développement initial. C'est considérablement plus propre visuellement que sur PS3 et 360, et mieux anti-aliasé.
-Le jeu offre à présent un mode NewGame+.
-En modes de difficulté faciles, les deux premières cellules d'énergie se rechargent à présent, afin d'aider les joueurs débutant à l'utilisation de leurs augmentations.
-La version Wii U inclut les DLC de précommande, avec les quêtes et équipements additionnels, et le DLC Le Chaînon Manquant est intégré à la campagne principale, lui ajoutant 6-7 heures de jeu à l'endroit adéquat dans la chronologie de l'aventure de Jensen.
-Certains bugs d'IA qui subsistaient ont été éliminés.
-Des commentaires audio sont disponibles pour ceux qui souhaiteraient les activer, à la manière de ce qu'on a connu dans les jeux VALVe : tout en jouant au jeu, à certains endroit des icônes signalant un commentaire disponible apparaît, il suffit de la toucher pour le déclencher.