Le 7 juin 2011, la console portable Nintendo 3DS obtiendra une mise à jour comprenant le eShop. Une des premières applications à voir le jour sur ce service s'intitule Pokédex 3D : elle permettra aux fans de visionner 150 Pokémons ainsi que leurs mouvements tout à fait gratuitement.

Au départ, les joueurs auront accès à 16 Pokémons. Il sera possible d'en débloquer plus en scannant des codes Quick Response, en se connectant à Internet via SpotPass (trois Pokémons maximum par jour) ou grâce à des échanges virtuels entre amis avec StreetPass. Chacune des créatures disponibles dans Pokédex 3D pourra être bougée manuellement de 360 degrés. Quelques autres fonctions s'ajoutent au programme, dont la possibilité de marquer un Pokémon en tant que favori et effectuer une recherche complète avec des filtres.

À noter que tous les monstres de Pokémon Black & White seront présents dans cette application.