Un prisonnier incarcéré a Alcatraz il y a de cela cinquante ans refait son apparition et attire l'attention de la police. Il s'avère en faite qu'une nuit, la prison d'Alcatraz avait vu tous ses prisonniers disparaître mystérieusement, et leurs retours sembles imminents. La détective Rebecca Madsen (Sarah Jones) chargé de l'enquête va avoir besoin de l'aide du Dr Diego Soto (Jorge Garcia, Lost) et de l'agent Emerson Hause (Sam Neil, Jurrasic Park) pour démêler tous ca.