Gene
Alias : Viper
Sexe : Masculin
Ancien membre des Spetsnaz (il en emploie toujours les couteaux), il participa au Projet du Successeur, qui visait à créer le commandant ultime (apte entre autres à diriger Null), basé sur The Boss.
Ainsi, Gene hérita de réflexes surhumains (supérieurs à ceux de Null) et des techniques de combat de The Boss ; il pouvait donc être considéré (dans un certain sens) comme le « frère » de Naked Snake. Mais il retira également de ce mystérieux projet des pouvoirs psychiques de prémonition, de défense mentale et de manipulation.
Gene rejoignit ensuite FOX et en devint l'élément principal après le départ de Naked Snake.
Au fil de ses missions, il sauva notamment Elisa/Ursula et Sokolov.
La C.I.A. lui confia alors officiellement la mission de transporter le Metal Gear conçu par ce dernier et, officieusement, de le remettre aux Soviétiques afin d'entretenir la Guerre Froide et de perpétuer l'influence de la C.I.A. dans les affaires militaires.
Mais le Pentagone lui demanda de voler ce Metal Gear pour lui-même.
Le Département de la Défense chargea aussi Cunningham, grâce à Snake, de découvrir où se trouvait la moitié manquante de l'Héritage des Philosophes et, secrètement, de pousser Gene à lancer des frappes nucléaires sur l'U.R.S.S. afin de discréditer la C.I.A. au plan politique...
Toutefois, Gene, qui était au courant que le Pentagone le trahirait, avait en réalité l'intention d'utiliser le char pour détruire le double-repaire des Philosophes (le Département de la Défense et le Q.G. de la C.I.A.) avant de fonder Army's Heaven : une nation de et pour les soldats... ou plutôt une organisation fantôme surgissant pour intervenir dans les conflits du monde entier et ainsi contrôler le cours de l'Histoire...
Gene rassembla à sa cause les membres de FOX spécialisés dans les missions en solo, élimina ses opposants, s'empara du Metal Gear et se rendit à San Hieronymo, où il utilisa ses pouvoirs psychiques pour rallier les soldats soviétiques de la base à sa cause.
Il fit s'affronter Snake et le Metal Gear RAXA (commandé par Ursula, qu'il avait réveillée) pour gagner du temps afin de transporter le véritable Metal Gear dans le silo pour son lancement.
Alors qu'il pensait avoir déclenché le lancement du Metal Gear, Elisa/Ursula fit exploser le tableau de commandes. Gene lui lança un couteau qu'elle dévia : il avait abaissé ses défenses mentales parce qu'il avait cru qu'elle avait succombé lors de la destruction du RAXA...
Mais Elisa/Ursula ne pouvait pas l'égaler physiquement : Gene la poignarda sans vergogne avant de s'en aller chercher un autre station de contrôle à même d'activer le Metal Gear.
Etant enfin parvenu à ses fins, Gene affronta une dernière fois Big Boss, mais perdit... Snake, grâce à ses gènes du soldat, était donc le véritable successeur.
Gene lui remit alors un micro-film détaillant l'emplacement du matériel, du personnel et des fonds qu'il avait amassés en secret au fil du temps afin de bâtir Army's Heaven.
Un jour, cela servirait...
Avant de s'éteindre, il lui expliqua que c'était à son tour de conserver l'héritage et qu'il devrait trouver son propre appel...