Les événements de Splinter Cell : Conviction se déroulent 3 ans après ceux de Double Agent.
On incarne Sam Fisher, un ancien agent secret d'élite de l'agence Echelon 3.
Sam est un homme brisé depuis les événements du précédent jeu. La seule motivation qui lui reste, est sa soif de vengeance.
La vengeance pour la mort de sa fille.
Un jour, une piste sur le meurtrier l’amène à Malte, et il découvre une trahison orchestrée par son ancienne agence.
Devenu un homme traqué et violent, il doit déjouer rapidement un complot terroriste qui menace des millions de vies.