Deux ans après les événements de The Darkness 1, et après avoir tué son oncle Paulie, Jackie Estacado, ancien tueur à gages, est devenu le big boss de la mafia de New York.
Il avait réussi à contenir en lui la créature démoniaque ancestrale que l’on nomme le Darkness, jusqu’au jour où, lors d’un dîner dans un restaurant, il se fait attaquer par une organisation mystérieuse nommée la Confrérie, qui veut lui prendre le Darkness.
Sur le point de mourir et n’ayant pas d’autre choix, il décide de relâcher la créature qui sommeillait en lui.
C’est ainsi que commença un véritable massacre dans les rues de New York, à la recherche de réponses.