Les armes secondaires sont des pistolets.Lorsque votre chargeur est vide et que votre ennemi vous fait face,il est plus facile de sortir votre arme secondaire et de lui tirer dessus pour l'achever.Vous pouvez également utiliser les prises CQC en étant équiper d'une arme secondaire.Les armes secondaires peuvent aussi être qualifiées d'armes de poing.

GSR
Disponibilité: avec ou sans DP
Cout: 0 DP
Description: Le GSR est le pistolet de base,plutôt précis mais avec une cadence de tir moyenne.

Operator
Disponibilité: DP activés
Cout: 0 DP
-Silencieux: 250
-Lumière: 250
Description: L'operator est quasiment identique au GSR au niveau des caractéristiques,il peut par contre être équipé d'un silencieux,ce qui en fait une arme d'infiltration.On peut également l'équiper d'une lumière pour aveugler l'adversaire.Une visée laser est intégrée de base.

G18C
Disponibilité: DP activés
Cout: 1250 DP
Description: Le G18C est un pistolet mitrailleur.Il a une cadence plus élevée que celle des autres armes de poing,mais ce qu'il gagne en rapidité,il le perd en précision.

Desert Eagle (D.E.)
Disponibilité: DP activés
Cout: 4000 DP
Description: Le Desert Eagle est l'arme de poing la plus puissante de MGO.Il a cependant une cadence de tir et une précision moins importante que les autres armes de poing.

Pistolet Mk.2
Disponibilité: avec ou sans DP
Cout: 0 DP
Description: Le Mk.2 est un pistolet tranquillisant avec silencieux et visée laser intégrée.Chaque balle diminue le psychisme,une balle dans la tête endort en un coup.C'est la seule arme du mode infiltration en équipe lorsque vous devez vous infiltrez.