Pour accomplir ses missions d'infiltration ou d'assassinat, le Ninja devait pénétrer dans de nombreux bâtiments, et tout spécialement les forteresses. Conçu autour de plusieurs enceintes successives, le chateau japonais était une succession d'obstacles que le Ninja devait passer l'un après l'autre, à l'aide de son entraînement et de son équipement.
Le plus simple de ses outils était le Kyoketsu-Shoge. Ce long couteau à deux lames, dont l'une était recourbée, était relié à une corde d'une dizaine de mètres. Lancé par dessus un mur, il s'accrochait comme un grappin et il était possible de grimper le long de la corde. Le Kuda-Bashigo était une échelle de corde, composée de courtes sections de bambous reliées entre elles. L'ensemble était surmonté d'un grappin qui le maintenait le long du mur. Encore plus ingénieux, le Shinobi-Kumade était une perche en bambou repliable qui se dressait rapidement en serrant d'un coup la corde passée en son centre.
Mais les Ninjas utilisaient également leur entraînement pour franchir les obstacles. Utilisant le principe de la pyramide humaine, quatre combattants s'appuyaient contre le mur à escalader. Les autres Ninjas n'avaient plus qu'à grimper sur eux, pour franchir le mur. Autre technique utilisée, un Ninja grimpé sur les épaules de deux autres guerriers qui couraient, était projeté vers le haut de la muraille. C'est cette dernière invention qui répandit le mythe des Ninjas capable de voler, rumeur qui perdura très longtemps dans le Japon ancien.

FRANCHIR LES COURS D'EAU :
De nombreux cours d'eau faisaient obstacle aux Ninjas. Que ce soient les rivières à traverser discrètement, les douves des châteaux à franchir, les abords des plages à approcher, ou bien un endroit où se cacher, les Ninjas devaient faire preuve d'une réelle ingéniosité. Au fil des siècles, les différents clans ont ainsi développé des techniques pour se servir à leur profit de tout élément liquide rencontré.
La technique la plus simple pour franchir des cours d'eau peu profonds était le Taru Ikada constitué de deux récipients vides dans lesquels le Ninja glissait ses pieds, et se propulsait à l'aide d'une rame ( Shinobi Kai ). Le côté peu stable de ce système lui faisait privilégier le Mizugumo ( araignée d'eau ), constitué de 5 outres remplies d'air, sur lesquelles le Ninja s'asseyait et progressait rapidement à l'aide de sa rame.
Pour les traversées plus longues ( lac, bras de mer ) le Tsugibune était la solution idéale. Constitué de banales caisses de stockage étanches, ces dernières étaient assemblées pour former un bateau. En cas d'imprévu, le Ninja pouvait construire, lui-même un petit radeau ( Kama Ikada ) formé simplement de troncs de bambou. Enfin, une simple tige creuse de bambou permettait à un Ninja de respirer sous l'eau, soit pour nager, soit pour se cacher en cas de difficulté.