Le jeu nous plonge dans un immense labyrinthe bouré de couleurs remplie de monstres et de pièges souvent mortels.

Dans Etrian Odyssey, la témérité n'est pas toujours récompensée et vos longues pérégrinations dans le labyrinthe d'Yggdrasil vous apprendront à : ne jamais tenter le diable avant d'être soigneusement préparé.

La difficulté dépend aussi en grande partie du groupe que vous choisirez de former au départ et de la complémentarité entre chacun de ses membres, sans oublier les heures nécessaires au level-up de vos héros.

Le jeu comporte neuf classes de personnages, seules les sept premières sont accessibles dès le début du jeu.

La première étape consiste à créer les premiers membres de votre guilde qui peut en comporter 30 sur un même fichier.

Vous aurez le choix entre :
-Un lansquenet (guerrier polyvalent).
-Un trappeur (archer).
-Un paladin (défenseur).
-Un chasseur (manie un fouet).
-Un guérisseur.
-Un alchimiste (magicien).
-Un barde.

Les jobs de samouraï et de sorcier étant à débloquer par la suite.
Pour chaque type de personnages, quatre profils différents vous seront proposés. Leur design manga est particulièrement réussi.
Vous ne pourrez en sélectionner que cinq pour partir à l'aventure, mais
rien ne vous empêche évidemment de modifier la composition de votre groupe régulièrement, mais seuls ceux qui partiront au combat pourront gagner de l'expérience, et leur évolution sera longue et laborieuse. Vous devrez par ailleurs répartir avec soin les points de compétence de chacun, à raison d'un point gagné par niveau, afin de le personnaliser de la meilleure façon possible. Chaque classe de personnages dispose ainsi d'un arbre de compétences à développer, les aptitudes pouvant être aussi bien défensives qu'offensives, ou même destinées à la récupération de matériaux. Car certains endroits du donjon sont des lieux privilégiés pour la cueillette, l'extraction ou le ramassage de matériaux plus ou moins rares.