Sétsuna Mudô accablé par un amour dont il sait impossible pour sa sœur Sara, apprend un jour qu’il pourrait être la réincarnation d’un ange du nom de Alexiel déchu lors d’une guerre céleste. Au même moment il apprend que plusieurs étudiants meurent dans d’étranges circonstances, leur point commun serait la passion qu’ils avaient tous pour un jeu du nom de « Angel Sanctuary ».