La pomme est un fruit (en fait, un faux-fruit) charnu, de forme quasi sphérique, déprimée au sommet et à la base, à pulpe homogène (au contraire des poires qui contiennent des cellules sclérifiées ou pierreuses). Certaines variétés anciennes avaient des formes particulières, comme la pomme d'api, plutôt plate et de forme étoilée pentagonale, ou la pigeonnet de Rouen, au contraire très allongée. La lemon pippin anglaise, ancienne pomme à cuire, avait la forme et la couleur d'un citron.

Sa taille est très variable selon les variétés et les conditions de végétation. Sa couleur à maturité, allant du vert « pomme » au rouge plus ou moins foncé en passant par une grande variété d'intermédiaires vert pâle, jaune, orangé ou de couleurs plus ou moins panachées.

Au sommet du fruit (côté opposé à celui de l'insertion du pédoncule), on peut voir les restes des sépales desséchés. En effet, la pomme est issue d'une fleur dite « à ovaire infère et adhérent », c'est-à-dire que le périanthe, comprenant sépales et pétales, se trouve au sommet de l'ovaire et que ce dernier est soudé au réceptacle floral.

Sur le plan botanique, la pomme est un fruit complexe, intermédiaire entre la baie et la drupe. Certains botanistes appellent « piridion » ce type de fruit, typique de la tribu des Maleae.

Dans une coupe transversale, on peut voir au centre, les pépins (les graines) au nombre de deux dans chacune des cinq loges de l'ovaire initial, entourée d'une enveloppe sclérifiée (ce qui rappelle le noyau d'une drupe), l'ensemble étant lui-même entouré d'une pulpe mince, qui correspond au développement de la paroi de l'ovaire. Puis une mince membrane fibreuse marque la séparation avec le réceptacle qui s'est considérablement épaissi pour former l'essentiel de la chair du fruit. En sorte que ce que nous mangeons a en fait la nature d'une induvie, c'est l'enveloppe du fruit, celui-ci constituant le trognon.