Si vous croyiez déjà connaître la sensation d'être derrière le viseur, repensez-y une nouvelle fois. L'ordinateur central de la Fédération Galactique est soudain corrompu par ce qui ressemble à un virus. La Fédération pense que les Pirates de l'Espace sont à l'origine du problème et lance très vite une attaque contre eux. Samus et d'autres chasseurs arrivent à la rescousse et découvrent que l'ennemi qu'ils affrontent n'est autre que Samus Sombre, armée d'immenses pouvoirs impossibles à contrer. Ciblez le mal avec la manette révolutionnaire de Nintendo.

Le joueur contrôle Samus en bougeant le Nunchuk et en ciblant avec la Wiimote, permettant un niveau d'immersion jusqu'ici inégalé. Interprétant littéralement Samus, le joueur fait un bond prodigieux en matière de contrôle grâce à la Wiimote, l'outil essentiel à tout bon FPS. Samus doit utiliser des power-ups bien connus comme le Rayon Grappin et la Boule Morphing ainsi qu'un certain nombre de surprises nécessaires à sa survie.


Le jeu intèrgre également un nouveau système impliquant le Phazon. En remplissant la jauge de Phazon de Samus à un certain niveau, Samus entrera temporairement en hyper mode, un état qui lui permet d'exécuter des mouvements d'une puissance incroyable. L'inconvénient majeur, c'est que si la jauge dépasse le niveau maximum de Phazon, Samus périra. A noter également, le vaisseau de Samus est utilisé dans les scènes d'action.