-Dans la deuxième partie du manga Naruto, Naruto Shipuuden, Sasuke a bien changé. Il réapparaît pour la première fois lors du chapitre 306 dans une tenue semblable à celle du quintet d'Oto, la tenue des ninjas d’Orochimaru et il possède désormais un Katana, une variante de l’épée Kusanagi.


Mais son physique et son allure ne sont pas les seules choses à avoir évoluées. Les trois ans passés à s’entraîner auprès d’Orochimaru lui ont permis non seulement d’accroître sa maîtrise du Sharingan mais également sa maîtrise des arts ninjas : ninjutsus, taijutsus, genjutsus, etc.


Nous avons l’occasion de constater son évolution fulgurante lors de sa première rencontre avec Naruto. Sa vitesse déjà remarquable à l’époque et sa maîtrise du Raïton se sont considérablement améliorés. Chose surprenante et preuve de sa maîtrise du Sharingan, il parviendra même à pénétrer l’esprit de Naruto et à voir Kyubi. Nous apprendrons lors de cette scène que Kyubi à déjà connu un représentant du clan maudit des Uchiha en la personne de Madara Uchiha. Même si Sasuke prétend le contraire, ce nom semble lui être familier…

Parfaitement conscient de ce qu'Orochimaru attend de lui, il trompera son monde en feignant vouloir lui donner son corps.


Profitant de la faiblesse d’Orochimaru due à sa technique de transfert d’âme, Sasuke le défiera et le battra. Donné pour mort, il semblerait que Sasuke ait piégé Orochimaru et l’ait enfermé dans sa propre dimension.
Il cherche désormais à se constituer une nouvelle équipe. Il semble avoir cette idée en tête depuis le début et a sélectionné 3 shinobis pour l’accompagner, tous tenus prisonnier dans les laboratoires d’Orochimaru : Suigetsu, Karin et Juugo. (que vous découvrirez dans les pages suivantes)

Tout porte à croire qu’il constitue cette équipe pour atteindre son but : tuer Itachi. Mais une rumeur circule selon laquelle il tente de restaurer la paix sur terre…