Présenté comme le dernier volet de la trilogie des Sables du Temps, Prince of Persia 3 verra notre héros rencontrer son double maléfique, qui représente en quelque sorte l'évolution du Prince s'il n'avait pas croisé la route des sables. Pour ne pas faire de jaloux, le joueur sera lui amené à contrôler les deux personnages, contraints de coopérer pour leur survie. Chacun d'entre eux sera davantage spécialisé dans un type de gameplay que l'autre : le prince sera toujours principalement doué pour les acrobaties, comme dans Sands of Time, tandis que son alter-ego la jouera davantage action / infiltration, comme dans L'Ame du Guerrier.