Nelly Kim Furtado, est née le 2 décembre 1978 à Victoria (capitale de la Colombie-Britannique au Canada) de parents portugais originaires des Açores (de l'île de São Miguel plus précisement). Ses parents l'ont appelée Nelly à cause de la championne de gymnastique russe Nellie Kim qui a gagné 5 médailles d'or (3 en 1976 et 2 en 1980) et 1 d'argent (en 1976) aux Jeux Olympiques.

Elle a appris à jouer du trombone, de la guitare et du ukulélé à l'âge de neuf ans et du synthétiseur à 11 ans. Passionnée par la musique dès son plus jeune âge, elle sait dès l'âge de 4 ans qu'elle veut devenir chanteuse. Nelly chantait avec sa mère dans une chorale, surtout lors de la fête nationale du Portugal. Elle a révélé d'ailleurs dans une entrevue au journal Expresso que, bien qu'elle ait le passeport canadien et portugais, elle se sentait plus portugaise par ses racines. Elle parle couramment portugais, anglais, hindi et espagnol.

Dès l'adolescence, elle commence à écrire des chansons et fait alors parti d'une fanfare portugaise. Durant cette période, elle écoutait du R&B, du hip hop, de l'alternative rock, de l'alternative hip hop, trip hop, du fado, de la bossa nova, de la musique indienne et de la variété. Les artistes que Nelly aimait (et qui l'ont influencé) sont Jeff Buckley, Caetano Veloso, Amalia Rodrigues, Nusrat Fateh Ali Khan, Cornershop,Mariah Carey, TLC, Mary J. Blige, Digable Planets, De La Soul, Radiohead, Oasis, The Smashing Pumpkins, The Verve, U2, et Beck.

Elle a remercié ses parents de lui avoir appris le travail et l'éthique. En effet, elle a passé huit étés à travailler comme une femme de chambre avec sa mère, qui était gouvernante. Elle a déclaré que venant de ce contexte de prolétariat a aussi formé son identité d'une façon positive.

Pendant une visite à Toronto, durant l'été , elle a rencontré Tallis Newkirk, membre de groupe de hip hop nommé Plains of Fascination et a contribué à leur album de 1996 Join the Ranks sur le titre Waitin' 4 The Streets. Après l'achèvement des études au Mount Douglas Secondary School en 1996, elle part pour Toronto où elle a finalement formé le duo/groupe Nelstar en 1997 avec Newkirk. L'expérience l'a ramenée à ses influences et lui a permis d'être plus à l'aise avec l'écriture de ses propres mélodies et rimes. Bien que, Like, une des chansons de Nelstar, ait reçu une subvention de VideoFACT pour couvrir pour la production d'un clip, Nelly a estimé que le duo ne représentait pas sa personnalité et ne lui permettait pas de montrer ses compétences vocales. Elle a donc quitté le groupe et était dans l'idée de rentrer à Victoria.