L’histoire personnelle de Lincoln Burrows et ce depuis son plus jeune âge, montre qu’il aurait fini tôt ou tard à Fox River. Après avoir abandonné ses études au lycée de Morgan Park, il rencontre rapidement des problèmes avec la justice et ce à plusieurs reprises. Suite à une sombre affaire, il se fera filmer en train de tuer un homme, le frère de la vice-présidente des États-Unis, Terrence Steadman. Insistant sur son innocence, toutes les preuves seront cependant contre lui, ce qui l'obligera à finir ses jours en prison, puisque condamné à mort. Personne ne croira en ses dires, pas même son fils, qui le considère déjà comme mort. En revanche Lincoln pourra compter sur son frère, Michael qui lui viendra en aide.