Michael Scofield est un homme honnête et sans histoire. C'est pourquoi le braquage de banque dont il est l'auteur laisse planer un certain mystère. En effet, Michael est un brillant élève du lycée Morton East, où il poursuit des études d’ingénieur en génie civile et sort diplômé de l’université de Loyola, à Chicago.

C'est lors de son braquage à main armée que Scofield tentera de dérober un demi million de dollars... pour se faire arrêter en enfermer dans la prison de son choix : celle où est incarcéré son propre frère (Fox River), Lincoln Burrows, accusé à tort du meurtre du frère de la vice-présidente des États-Unis, Terrence Steadman. Il tentera alors de faire sortir de cette prison... et cela ne se fera pas sans mal.