Le Docteur Elizabeth Weir est le commandant de l'exploration d'Atlantis. Elle est experte en politique internationale et est connue de beaucoup de personnes à l'ONU. Promu commandant du SGC après le Général Hammond, elle commanda le programme Stargate pendant quelques mois jusqu'à la promotion du Général O'Neill. Envoyé dans l'avant poste des Anciens, elle parti en direction d'Atlantis en tant que commandant.