Le Major Shepard est un talentueux pilote de l'US Air Force. Pilote du général O'Neill pour se rendre à l'avant-poste des Anciens, il pénétra dans celle-ci et s'assit sur le siège où le jadis Colonel O'Neill avait activé le système de défense et tua Anubis.
Il s'assit donc sur ce siège, ce qui activa l'avant-poste, et la probabilité qu'il puissent réussire à y faire marcher était très faible, et pourtant, il y parvint!!

Il fut donc séléctionné pour partir vers la cité Atlantis. Ce qu'il fit.
Il est devenu le soldat le plus gradé de la base après la mort du Colonel Marshall Sumner et donc il est devenu le commandant des équipes militaires d'Atlantis.