en fait, peu importe que Madara ait dit ou non la vérité sur son frère ! ce qui semble être sûr, c'est qu'il a été rejeté par son propre clan, et qu'il a choisi l'exile et à en quelque sorte renié son clan par la même occasion.
je ne pense pas qu'il estime vouloir encore la reconnaissance de son clan, ou même chercher à prouver quoique ce soit à Konoha dont il doit bien savoir que, dirigé depuis si longtemps par l'idéologie diffusée par le clan senju, personne ne le reconnaitrait à Konoha comme quelqu'un de bien.
et de toute façon, qu'il veuille se venger de son clan, peut-être même justement en leur montrant là où ils se sont trompés, c'est à dire en laissant la puissance au clan Senju, me paraît complètement logique.
et peut-être même a-t-il une dette envers un Senju (sa vie pourquoi pas).
sinon en ce qui concerne Shisui, c'est sûr qu'il est mort. Tobi a confirmé que l'obtention de son Mangekyu Sharingan éternel avait nécessité ces 2 sacrifices (celui de son ami et celui de son frère). donc Itachi a du en passer par là.
enfin pour un coup d'état, il leur aurait suffit d'assassiner les principaux dirigeants de Konoha pour tout contrôler, et avec l'effet de surprise, et la force de tout un clan préparé à cela, pouvant même opérer en interne, ça paraît assez simple à faire.
une chose m'intrigue par contre. Godaime aurait aussi pu être Jiraiya, et en fait même ils avaient pensé à lui sans même penser à Tsunade. même si ça reste un des élèves de Sandaime, lui-même élève des 2 premier Hokage, rien ne crée un lien direct avec l'héritage Senju (imaginez que ce soit Orochimaru qui soit devenu Hokage, je crois pas qu'on aurait pu voir la continuité), sauf si on regarde ceci :

mêmes yeux, mêmes cheveux blancs, même style de marques étranges sur le visage. on ne connait rien de la parenté de Jiraiya, mais ça serait crédible, vu son âge, qu'il soit tout simplement le petit fils de Nidaime. ce qui expliquerait aussi pourquoi lui et Tsunade n'ont jamais eu de liens plus intimes malgré l'espèce de proximité qu'ils ont ensemble (on voit bien que Tsunade tien à lui quand il s'en va enquêter à Ame, et Jiraiya dit lui même que c'est la plus belle femme qu'il ait vu, et avce son caractère je le vois mal ne pas être attiré par elle), ils seraient alors de la même famille.
Senju Jiraiya, ça sonne bien ^^